Niguliste muuseumi väljapaneku tuntuimaks teoseks on 15. sajandi lõpul Lübecki meistri Bernt Notke töökojas valminud maali „Surmatants” fragment. Algselt ligi 30 meetri pikkusest ning ligi viiekümnefiguurilisest lõuendile maalitud tööst on tänaseni säilinud algustükk. Kollektsiooni keskse osa moodustavad hiliskeskaegsed altariretaablid. Lübecki meistri Hermen Rode töökojas 1478−1481 Niguliste kiriku peaaltarile tellitud kahekordsete tiibade ning predellaga kappaltar on üks suurimaid ja paremini säilinud hiliskeskaegseid Põhja-Saksa kappaltareid Euroopas. Tihedaid kunstisidemeid Madalmaadega tunnistavad 15.−16. sajandi vahetusel Bruggest ja Brüsselist tellitud altariretaablid: Lucia legendi meistri töökojas valminud Mustpeade vennaskonna Maarja altari retaabel, Adriaen Isenbrandti töökojale omistatud Kannatusaltar ja Brüsselis valminud Püha hõimkonna kappaltar.
Muusemi kogust moodustab suure osa reformatsioonijärgne kirikukunst, mille seas võiks esile tuua Bogislaus von Roseni hauakabeli nikerdatud ehisseina ja Christian Ackermanni töökojas valminud Rootsi Mihkli kiriku ristimiskambri. Luterliku memoriaalkunsti iseloomulikest näidetest on esindatud epitaafid ning vappepitaafid. Niguliste muuseumi lühtritekogu põhiosa moodustavad renessanss- ja barokklühtrid. Hinnalisemaks eksponaadiks on 1519. aastal Lübecki valukojas valminud seitsmeharuline Maarja lühter.
2001. aastast avatud Hõbedakambris on välja pandud valik EKMi hõbedakogust. Ekspositsiooni mahukaima ja tähelepanuväärseima osa moodustab Tallinna gildide ning Mustpeade vennaskonna hõbevara. Ligi sajast esemest koosnev Mustpeade vennaskonna hõbedakogu säilitatakse tervikuna EKMis.
Merike Kurisoo, Niguliste muuseumi koguhoidja