Johannes Mikkel on üks Eesti olulisemaid kunstikogujaid. Tema enam kui 600 esemest koosnev Lääne-Euroopa vanema maali ja graafika ning Euroopa, Venemaa, Hiina ja Jaapani keraamika kollektsioon on kogutud Eestis nõukogude perioodil, mil ideoloogia tasandil väärtustati uue ühiskonna loomist vana põrmule ning soositi eraomandi asemel kollektiivsust. Seda arvestades mõjuvad erandlikult nii Mikkeli isik kui ka tema kogumiskirg, mis ei juhindunud kindlatest koolkondlikest ega žanrilistest eelistustest, vaid koondas enda ümber kõike vana, väärikat ja kaunist. Johannes Mikkeli elu ja kollektsioon on ilmekas näide eskapistlikust vastuseisust nõukogude reaalsusele. Uue aja paneelmaja neljatoalises korteris ümbritses ta end kuldraamides maalidega, riputas lakke poole põrandani ulatuvad lühtrid ja sättis kummutile Meisseni portselani.
Igal teosel tema kogus oli ka oluline koht Euroopa kultuuriloos, olid need siis maalid või estampgraafika kunstiajaloo suurnimedelt: Dürerilt, Tizianilt, Rubensilt, Velázquez’ilt. Või vana Euroopa kõrgseltskonna elustiili jäädvustava portselankunsti hinnalised näited: 17. sajandil Euroopa vallutanud Mingi dünastia sinivalge portselan Hiinast ning 18. sajandil uue eeskujuna ja staatuse sümbolina tuntust võitnud Meisseni portselanimanufaktuuri teosed. Autori- ja valmistajanimega sama olulised olid esemete kohta käivad legendid, mis sidusid teoste loo silmapaistvate ajalooliste isikute ja sündmustega. Nende järgi leidus kogus nii Voltaire’i kink Katariina Suurele, Napoleon I perekonnaserviisi kuulunud kohvikann, osa Aleksander I lõunaserviisist, riigivanem Konstantin Pätsi suur graafikamapp ja esindusmööbel, aga ka esemeid, mida tõid Esimese maailmasõja päevil valgekaartlased Venemaalt ning Teise maailmasõja päevil punakaartlased Dresdenist.
1994. aastal kinkis Johannes Mikkel oma unikaalse kunstikogu Eesti riigile, mille eksponeerimiseks kohandati endine Kadrioru lossikompleksi köögihoone muuseumiks.
Mikkeli muuseum avati publikule 1997. aastal.
Johannes Mikkeli kollektsioon koosneb enam kui 600 esemest, sellest kõige arvukam on graafikakogu, järgneb keraamikakogu ning vähemal arvul leidub maale. 2005. aastal täienesid Mikkeli muuseumi varad veel Johannes Mikkeli Eesti kunsti kogu ning 2006. aastal ajaloolise mööbli ja skulptuuride üksikute näidete võrra.
Kunstimuuseumisse jõudmine oli Johannes Mikkeli kogule ühtaegu õnn ja õnnetus. Ühelt poolt tagas see kollektsiooni tervikliku säilimise, mis on katkendliku ajalooga Eestis suur väärtus, teiselt poolt minetas kollektsioon muuseumis pärast teoste süstematiseerimist, teaduslikku läbitöötamist ning valikulist eksponeerimist erakogu algse konteksti ja tähenduse. Kuigi paljud Johannes Mikkeli lemmikud – Lääne-Euroopa maalid – jäid muuseumis ilma koguja antud uhketest autorinimedest ning portselanesemed osutusid hilisemateks kordusteks või jäljendusteks, ei kahanda see tervikuna kollektsiooni kultuuriloolist väärtust. Johannes Mikkeli kunstikogu tähtsus ei peitu selle kunstiajaloolises väärtuses, olgugi et see sisaldab kunstiliselt kõrgetasemelisi ja tähelepanuväärseid teoseid, vaid eelkõige selle kogumisega seotud kontekstis.